大棚蔬菜對施肥要求很高，假若施肥不當，則不僅會導致土壤板結，引起蔬菜肥害，而且還會影響硝酸鹽、亞硝酸鹽含量超標。而這兩種物質對人體健康有極大的危害。因此，在大棚蔬菜生產上，我們一定要慎施化肥，科學施肥。
多施有機肥，少施化肥 有機肥料養分含量齊全，肥效持久，施用后不僅能改良菜地土壤，還可為蔬菜提供多種養分。每畝大棚施有機肥至少要達到3立方以上。
控施化學氮肥，增施磷鉀化肥氮肥雖然是大棚蔬菜生產中不可缺少的肥料，但也不能過量施用。而磷、鉀作為品質元素，可參與蔬菜體內的一切生化反應，可活化蔬菜體內60多種酶，使蔬菜抗逆性能明顯增強，因此應大量施用。另外，在大棚蔬菜生產管理上，應適當增加掀棚、開窗的次數及時間，增加光照強度，以盡量減少蔬菜體內硝酸鹽的含量。
需要禁止或限量施用的化學氮肥主要包括：
禁止施用硝態氮 如硝酸銨、硝酸鉀以及含硝態氮的復混肥，減少蔬菜中硝酸鹽積累。
不宜施含氯化肥 如氯化鉀、氯化銨等。氯離子能降低蔬菜中的淀粉含量，使品質變劣，產量降低，而且殘留于土壤中易造成土壤脫鈣，引起板結。
限量施用硫酸鎂、硫酸銨類肥料 因為肥料中的硫酸根離子，不易被蔬菜吸收而留在土壤中，危害蔬菜生長。另外還要限量施用碳銨，因氨氣揮發，容易引起氨害。
實施測土配方平衡施肥 大力推廣蔬菜專用型復合肥料。專用性肥料是根據不同蔬菜的需肥特點和土壤供肥狀況而研制確定的，養分更齊全、營養更科學、配方更合理、針對性更強，施用后能顯著提高蔬菜產量和改善蔬菜品質。
大力推廣鋅、鉬、鈣、鎂等新化肥。這些營養元素能積極改進蔬菜品質，同樣是蔬菜生長必不可少的。
大力推廣生物肥料 特別是要大力推廣生物有機復合肥料。生物肥料含有微生物活化菌，它是由有機肥、無機肥、菌肥、增效劑復合而成的“四合一”肥料，實現了各種肥料的科學配合，優勢互補，效益互促，是實現大棚蔬菜平衡施肥的最佳肥料品種之一。施用生物有機復合肥，可改良土壤，增加土壤肥力，給大棚蔬菜創造良好的生長環境。
限制使用激素 有些激素如赤霉素（920）、乙烯利、多效唑等，使用后雖可起到催熟、催長的作用，但可大大降低蔬菜品質，而且人們長久食用也會對身體健康不利，因此應少用激素。